La ACCIP se organiza en una estructura que incluye diferentes comisiones de trabajo, cada una dedicada a áreas específicas del conocimiento científico. Estas comisiones son responsables de promover la investigación, la divulgación científica y el intercambio de conocimientos en sus respectivas áreas.
1. Comisión de Biología y Biodiversidad.
2. Comisión de Física y Matemática.
3. Comisión de Tecnología y Comunicación.
4. Comisión de Ciencias Sociales y Políticas Públicas.
5. Comisión de Economía y Finanzas.
6. Comisión de Medio Ambiente y Desarrollo Sostenible.
7. Comisión de Salud y Medicina.
8. Comisión de Arte y Cultura.
Cada comisión está conformada por científicos, investigadores y profesionales destacados en cada área, quienes colaboran en la generación de conocimiento y el impulso de proyectos científicos relevantes. Las comisiones trabajan de manera independiente y en conjunto, bajo la coordinación de la dirección de la ACCIP.